Djamal Lasri
Chercheur indépendant en biologie computationnelle Lattes, Hérault
Je conçois des pipelines de criblage in silico de peptides courts, et je passe l'essentiel de mon temps à essayer de les prendre en défaut.
Ce qu'un pipeline de ce type peut établir
Qu'une différence mesurée entre deux candidats dépasse le bruit de la méthode, à un seuil fixé avant de regarder les données.
Ce qu'il ne peut pas établir
Qu'une liaison existe. Sans actif connu pour le site visé, la validation reste interne et circulaire. Seule la mesure expérimentale l'ancre.
Travaux en cours
Un pipeline appliqué au domaine D5 de TrkB : génération combinatoire, amarrage, prédiction de complexes, puis dynamique moléculaire en solvant explicite. La métrique de sortie est une occupation de contact sur neuf résidus critiques du site, définie et gelée dans une configuration versionnée.
L'essentiel de l'effort est allé aux contrôles. Neuf contrôles internes, quatre défaillances silencieuses de l'outillage identifiées et documentées, un étalonnage sur cibles à actifs connus dont la conclusion est publiée telle quelle : l'amarrage seul ne hiérarchise pas de façon fiable. Un manuscrit méthodologique est en préparation pour le Journal of Chemical Information and Modeling.
- 68réplicas de dynamique moléculaire retenus, provenance et hachages consignés réplica par réplica
- 9contrôles internes, dont un témoin, un contrôle d'échelle et un contrôle de séparation
- 4défaillances silencieuses trouvées dans mon propre outillage, et conservées au dossier
- 2comparaisons déclarées non séparables, plutôt que présentées comme des résultats
Ce que je cherche
Un partenariat académique pour porter la validation expérimentale : production recombinante de la cible, synthèse des peptides, mesure d'interaction sur plateforme de biophysique. J'apporte la partie computationnelle, versionnée et reproductible, et la rédaction qui va avec.
Les échanges au niveau des séquences supposent un accord de confidentialité préalable, qui peut être préparé sans délai.